Thành phố Hưng Yên có 17 đơn vị hành chính cấp xã trực thuộc, bao gồm 7 phường: An Tảo, Hiến Nam, Hồng Châu, Lam Sơn, Lê Lợi, Minh Khai, Quang Trung và 10 xã: Bảo Khê, Hoàng Hanh, Hồng Nam, Hùng Cường, Liên Phương, Phú Cường, Phương Chiểu, Quảng Châu, Tân Hưng, Trung Nghĩa.

Phố Hiến, thương cảng sầm uất của Việt Nam hồi thế kỷ 16 và 17, nằm trong thành phố Hưng Yên.

Thành phố Hưng Yên được tổ chức theo 4 khu vực chính.

• Khu vực cần bảo tồn, tôn tạo (khu vực Phố Hiến)
• Khu vực cần cải tạo chỉnh trang (khu phố cũ)
• Khu vực xây dựng mới (khu đô thị mới)
• Khu nhà vườn sinh thái (trồng cây nhãn truyền thống của tỉnh)